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43

k

   

institut carnot inria

 

   

 

 procédés

Composition  

en espèces des sols 

Analyse de données métagénomiques 

(logiciel Compareads)

C

ompareads est un logiciel facilitant la comparaison de milliards de 
séquences d’ADN de petites tailles (les reads) produites par les séquen-
ceurs de dernières générations.
Cette comparaison permet une mesure de la biodiversité relative des 

échantillons prélevés dans un milieu donné : cela donne une analyse de l’acti-
vité organique de ce milieu. Le logiciel permet d’identifier et de quantifier les 
espèces présentes.
Ainsi la fertilité des sols peut être reliée à une forte activité organique et, 
inversement, une activité réduite pourra être un indicateur de la présence de 
pollutions.
Le logiciel est actuellement utilisé pour l’analyse des milieux marins avec les 
échantillons prélevés dans l’expédition TARA.
La méthode utilisée est adaptée aux très grands volumes de données et réduit  les 
temps de calculs d’un facteur 100 : seule l’information utile est extraite et analysée.
Le logiciel fonctionne en « stand alone », et des adaptations à façon pour des 
industriels peuvent être réalisées en fonction des besoins exprimés.
 

Contact : inria@instituts-carnot.fr

“La fertilité des sols peut 
être reliée à une forte 
activité organique et, 
inversement, une faible 
activité indiquera une 
activité réduite témoin, par 
exemple, de la présence de 
pollutions.”