////////////////////
/////
/
/////////////////////////////////////////
//
/////////////////
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
////
/
////////////////////////////////////
//
/////////////////
///////////////////////////////////////////////////
/////
///////////////////
43
k
institut carnot inria
procédés
Composition
en espèces des sols
Analyse de données métagénomiques
(logiciel Compareads)
C
ompareads est un logiciel facilitant la comparaison de milliards de
séquences d’ADN de petites tailles (les reads) produites par les séquen-
ceurs de dernières générations.
Cette comparaison permet une mesure de la biodiversité relative des
échantillons prélevés dans un milieu donné : cela donne une analyse de l’acti-
vité organique de ce milieu. Le logiciel permet d’identifier et de quantifier les
espèces présentes.
Ainsi la fertilité des sols peut être reliée à une forte activité organique et,
inversement, une activité réduite pourra être un indicateur de la présence de
pollutions.
Le logiciel est actuellement utilisé pour l’analyse des milieux marins avec les
échantillons prélevés dans l’expédition TARA.
La méthode utilisée est adaptée aux très grands volumes de données et réduit les
temps de calculs d’un facteur 100 : seule l’information utile est extraite et analysée.
Le logiciel fonctionne en « stand alone », et des adaptations à façon pour des
industriels peuvent être réalisées en fonction des besoins exprimés.
Contact : inria@instituts-carnot.fr
“La fertilité des sols peut
être reliée à une forte
activité organique et,
inversement, une faible
activité indiquera une
activité réduite témoin, par
exemple, de la présence de
pollutions.”