- L’institut de recherche FEMTO-ST (Franche-Comté Electronique Mécanique Thermique et Optique - Sciences et Technologies) qui est une Unité Mixte de Recherche (UMR 6174) simultanément rattachée à l’Université de Franche-Comté, au CNRS, à l’Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques et à l’Université de Technologie de Belfort-Montbéliard. Les compétences de base de FEMTO-ST, issues des 6 départements qui le composent sont : les microsystèmes, l’acoustique, l’électronique, le temps-fréquence, la piézoélectricité, l’instrumentation, la mécanique, les revêtements de surface, l’automatique, la microrobotique, l’énergétique, les rayonnements ionisants, la micro et nanofabrication, l’optique, les systèmes acoustiques et les télécommunications. La création de FEMTO-ST en janvier 2004 a été motivée par la nécessité de développer des recherches pluridisciplinaires qui trouvent leurs applications dans 6 grands domaines : micro nanotechnologies et fabrication, systèmes temps-fréquence et télécommunications, ingénierie biomédicale, Transport, énergie et développement durable, génie industriel.
- L’institut Pierre Vernier (IPV) est un centre de transfert de technologie (CRITT, labellisé Centre de Ressources Technologiques pour certaines de ses activités) dont la mission consiste à favoriser le transfert de technologies issues des organismes de recherche vers les entreprises. L’IPV offre des prestations sur catalogue ou sur mesure en termes d’ingénierie de projets, de processus industriels et de développements technologiques. L’IPV est actif dans les domaines des microtechniques, traitements de surface, productique/ conception innovante, santé, énergies nouvelles. Ses domaines d’expertise s’étendent également à toutes les techniques et technologies concernées par les projets des pôles de compétitivité francs-comtois.
Laboratoires rattachés à l'institut Carnot :
FEMTO-ST est composé de six départements dont les compétences sont résumées ci-dessous :
Automatique et systèmes micro mécatroniques (AS2M) : automatique, microrobotique, micromécatronique, micromanipulation et micro-assemblage, e-maintenance et pilotage des activités de conception



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